MRI สามารถตรวจหาความผิดปกติของสมอง และเส้นประสาทในสมอง ได้แก่ สมองขาดเลือด, เนื้องอก, สาเหตุการชัก, การอักเสบติดเชื้อของเนื้อสมองและเยื่อหุ้มสมอง เป็นต้น
MRI สามารถตรวจหาความผิดปกติของอวัยวะต่าง ๆ ในช่องท้อง มดลูก และรังไข่ในเพศหญิง ต่อมลูกหมากในเพศชาย
MRI สามารถหาความผิดปกติของกระดูก ข้อต่อต่างๆ เส้นประสาทไขสันหลัง ได้แก่ หมอนรองกระดูกเคลื่อน, เนื้องอกไขสันหลัง, การติดเชื้อ, บาดเจ็บไขสันหลัง ตรวจหาความผิดปกติของเนื้อเยื่อกล้ามเนื้อ รวมทั้งการฉีกขาดของกล้ามเนื้อ เส้นเอ็นบริเวณข้อกระดูก เป็นต้น
MRI สามารถตรวจดูความผิดปกติของเส้นเลือด และการไหลเวียนของเลือด
การตรวจด้วย MRI สามารถให้ภาพที่แยกความแตกต่างระหว่างเนื้อเยื่อต่าง ๆ ได้ชัดเจน ทำให้การวินิจฉัยโรคมีความถูกต้องแม่นยำมากยิ่งขึ้น สามารถทำการตรวจได้ในทุกระนาบ ไม่ใช่เฉพาะแนวขวางอย่างเอกซเรย์คอมพิวเตอร์
ใช้ได้ดีกับส่วนที่ไม่ใช่กระดูก (non bony parts) คือเนื้อเยื่อ (soft tissues) โดยเฉพาะ สมอง เส้นประสาทไขสันหลัง และเส้นประสาทในร่างกาย (CT scan ดูภาพกระดูกได้ดีกว่า ) นอกจากนี้ยังใช้ได้ดีกับกล้ามเนื้อ เส้นเอ็นยึดกระดูกและกล้ามเนื้อ
สามารถตรวจเส้นเลือดได้โดย ไม่ต้องเสี่ยงกับการฉีดสารทึบรังสี และการสวนสายยางเพื่อฉีดสี ซึ่งมีประโยชน์ต่อวงการแพทย์แผนปัจจุบันเป็นอย่างมาก เพราะมีความปลอดภัยสูง สะดวกสบายกว่าเพราะไม่จำเป็นต้องเตรียมตัวทั้งก่อนและหลังการตรวจ สามารถกลับบ้านได้ทันทีที่ตรวจเสร็จ อีกทั้งไม่ก่อให้เกิดอันตรายต่อเนื้อเยื่อเหมือนใน CT scan เพราะไม่ใช้รังสี